Margherita nacque sul continente, in una data e un luogo imprecisati, ma sicuramente verso la metà o la fine degli anni ’40 dell’XI secolo. Era figlia di Edoardo, detto “l’esiliato”, figlio del re inglese Eadmund Irenside. Dopo la morte del padre (novembre 1016), Edoardo era stato esiliato dall’Inghilterra da Cnut di Danimarca e visse gran parte della sua vita in Europa (forse una probabile prima tappa in Svezia, poi Kiev e l’Ungheria). La madre di Margherita era una nobildonna di nome Agatha, di cui le fonti medievali riferiscono che era imparentata con i sovrani ungheresi e l’imperatore di Germania e aveva legami con la Rus’ di Kiev. 

Benché la genealogia della donna non possa essere stabilita con certezza, a causa della confusione presente nelle fonti, tre ipotesi hanno plausibilmente corso: 

1) Agatha era forse figlia di Bruno di Augusta, pertanto nipote di Gisela di Baviera, sorella di Bruno e dell’imperatore Enrico II e moglie di Stefano il Santo d’Ungheria; 

2) era una delle figlie nate dal primo matrimonio di Gisela di Svevia col conte Liudolfo II di Frisia, pertanto nipote di Enrico III, figlio di Gisela e del suo terzo marito, l’imperatore Corrado II, e cugina di Enrico IV; 

3) era una figlia di Jaroslav di Kiev (un’altra figlia di Jaroslav, Anastasia, fu moglie di Andrea d’Ungheria e madre di Salomone I d’Ungheria, che sposò a sua volta Giuditta, figlia più piccola di Enrico III di Germania). 

Margherita aveva una sorella, Cristina, poi monaca nel monastero di Romsey, e un fratello minore, Edgar.

Nel 1057 la famiglia venne richiamata in Inghilterra dal re Edoardo il confessore, fratellastro del nonno paterno di Margherita; Edoardo l’esiliato morì poco dopo il ritorno in patria. Alla morte di Edoardo il confessore, al principio del 1066, Edgar rimaneva l’unico erede maschio diretto e legittimo della casa del Wessex, ma poiché era un ragazzo appena adolescente il suo diritto venne sopravanzato prima da Harold Godwinson, poi da Guglielmo di Normandia. 

Dopo la conquista, la famiglia di Margherita inizialmente si mostrò fedele a Guglielmo, ma venne coinvolta nella sollevazione dei nobili del Nord del 1067 e costretta alla fuga in Scozia, dove venne accolta dal re Malcolm III. La Cronaca anglosassone (ms. D) racconta che Malcolm si innamorò di Margherita e insistette per sposarla, anche se la giovane avrebbe voluto dedicarsi alla vita religiosa; sembra che il re scozzese abbia messo alle strette Edgar, il quale non era nella posizione di potergli opporre un rifiuto.

Il matrimonio ebbe luogo tra la fine degli anni ’60 e il 1070 e produsse sei figli e due figlie: Edward, Æthelred, Edmund, Edgar, Alessandro, Davide, Edith e Maria. Edward, il primogenito, morì insieme al padre nel novembre 1093, durante una spedizione nell’Inghilterra del Nord; Edgar, Alessandro e Davide furono in successione re di Scozia dal 1097 al 1153; Edith, ribattezzata Matilda dopo il matrimonio, sposò il re d’Inghilterra Enrico I, da cui ebbe i figli William e Matilda; Maria sposò il conte Eustachio III di Boulogne, da cui ebbe Matilda, poi moglie di Stefano di Blois, re d’Inghilterra.

Margherita aveva un senso altissimo delle responsabilità legate al suo lignaggio, era incline a pratiche ascetiche e si dedicava ad opere di carità. Ebbe rapporti molto stretti con la chiesa inglese e promosse la diffusione delle abitudini ecclesiastiche continentali in Scozia, anche se pare abbia avuto un grande rispetto per alcuni aspetti della religiosità celtica, come la vita eremitica dei cosiddetti céli dé. Trasformò la chiesa di Dunfermline nel priorato della Santissima Trinità, con l’aiuto di Lanfranco di Canterbury; volle altresì che l’attraversamento del Firth of Forth da parte dei pellegrini nel loro viaggio verso Dunfermline fosse reso gratuito e si interessò alla ricostruzione della chiesa di Iona. 

Morì presso il castello di Edimburgo il 16 novembre 1093, dopo aver saputo della morte del marito e del figlio maggiore; venne seppellita presso l’abbazia di Dunfermline.

Una venerazione informale della sua figura si sviluppò già pochi anni dopo la sua morte; nei primi anni del XII secolo il priore Turgot di Durham, ex cappellano presso la corte scozzese, scrisse una sua biografia, dal sapore fortemente agiografico, dietro richiesta della figlia di Margherita, la regina d’Inghilterra Edith/Matilda. Il processo ufficiale di canonizzazione fu concluso da Innocenzo IV solo nel 1249-1250. Nel 1673 Margherita venne proclamata patrona della Scozia da papa Clemente X. 

Oggi la commemorazione tradizionale e quella ufficiale cadono entrambe il 16 novembre.