Maria Sofia Amalia nasce il 4 ottobre nel Castello di Possenhofen in Baviera dai Duchi Massimiliano Wittelsbach e Ludovica, figlia del re di Baviera, Luigi I. È la quinta degli otto figli dei duchi di Baviera, sorella minore di Sissi nata nel 1837 e futura moglie di Francesco Giuseppe d’Asburgo Imperatore d’Austria. Cresce fra i monti e i laghi della Baviera, nel castello con parco insieme alla famiglia.

Da Monaco comunicano alla madre Ludovica che in un regno mediterraneo un giovane principe cercava moglie. È Francesco di Borbone, l’erede al trono del Regno delle Due Sicilie. Maria Sofia conosce lo sposo attraverso una miniatura rimanendone favorevolmente sorpresa.

L’8 gennaio 1859 a Monaco si celebra le nozze per procura di Francesco con Maria Sofia nella cappella del palazzo reale di Monaco. Il 13 gennaio Maria Sofia lascia Monaco col suo seguito per recarsi a Vienna e successivamente si imbarca a Trieste per raggiungere il suo sposo a Bari.

Il 3 febbraio la Fulminante entra nel porto di Bari. Le case e le strade sono tutte imbandierate. Tutta la città si è riversata sulle banchine. In una carrozza ad attenderla vi è Francesco che non somiglia certo al bel ritratto della miniatura, ma Maria Sofia non lascia trapelare la sua delusione.Giunti a Napoli, rimane colpita dallo splendore della capitale e dalla magnificenza della Reggia di Caserta.

Francesco aveva un carattere malinconico e introverso. La madre Maria Cristina di Savoia era morta in concetto di santità a soli 24 anni, 15 giorni dopo averlo dato alla luce; Francesco aveva studiato diritto ecclesiastico e teologia. Amava più la teologia che la politica e dedicava più tempo alla preghiera che agli affari di Stato.

Morto Ferdinando II, padre di Francesco, il 22 maggio 1859, Maria Sofia diventa regina, a soli 18 anni, al fianco di Francesco II, ventitreenne.

Il 7 luglio scoppia la rivolta dei “Titò”, mercenari svizzeri, nerbo dell’esercito neoborbonico, che manifestavano apertamente la loro opposizione al nuovo sovrano.

A mezzanotte i rivoltosi si presentano davanti alla Reggia di Capodimonte dove si trovava la famiglia reale. Maria Teresa si predispone alla fuga con i figli. Francesco si ritira a pregare. Maria Sofia, esponendosi al rischio di una fucilata si affaccia alla finestra e, ascoltando le grida in tedesco riesce a comprendere i motivi della sommossa. Chiama alcuni ufficiali e ordina loro di parlare con gli insorti. Gli animi sembrarono placarsi e le trattative giungere a buon fine.

Maria Sofia convince il consorte a sostituire i mercenari svizzeri con reggimenti bavaresi che vengono inviati da suo zio, Re Massimiliano.

Brillante, seducente, la regina Maria Sofia a un anno dalle nozze è il centro di un risveglio mondano. Ricevimenti, spettacoli di gala, feste danzanti e pubbliche cerimonie cominciano a susseguirsi nella capitale con la presenza dei reali e del loro seguito e le sue passioni (nuoto, cavallo, scherma) suscitano curiosità e ammirazione per la nuova regina.

Intanto il Piemonte occupava militarmente la Lombardia, e annetteva con il sistema dei plebisciti anche l’intera Italia centrale.

Dall’11 maggio 1860 quando un telegramma del principe di Castelcicala aveva annunciato al Re lo sbarco dei garibaldini a Marsala, Maria Sofia non si stancava di ripetere a Francesco di montare a cavallo al suo fianco: «I Wittelsbach i troni li conquistano e li difendono montando a cavallo con la spada in pugno!».

Nel clima di generale disorientamento che dominava a Corte, solo Maria Sofia era determinata a seguire qualunque strategia che contrastasse i nemici. Ella non si stancava di incitare il Re a mettersi a capo dell'esercito e passare all'azione, sicura che tutto il popolo l'avrebbe sostenuto e seguito. Ma Francesco II, a parte la sua naturale indolenza, condizionato com'era da ministri e collaboratori ambigui, non riusciva a prendere quelle decisioni che la situazione richiedeva.

Dopo le dimissioni di Pianell il Re offrì l'incarico di capo del governo al generale Ischitella, ma questi dopo vari tentativi, rimise l'incarico sostenendo che «ognuno si rifiutava di essere ministro in quel momento, in cui si vedeva la dissoluzione del Regno, e nessuno voleva compromettersi.»

«A quelli non devi dare l’Ordine di San Gennaro», gli dirà la moglie mentre lui si affanna a distribuire onorificenze quando il pericolo incombe. «Ma l’Ordine del si salvi chi può!».

Francesco matura la decisione di lasciare Napoli e trasferirsi a Gaeta richiamando l’esercito e il resto della flotta. Progetta di concentrare le sue forze fra Gaeta e Capua e di costituire una linea di difesa tra le due fortezze e tra il Volturno e il Garigliano.

Quando i reali lasciano il palazzo Maria Sofia dichiara di non voler vedere i ministri per il commiato. «Torneremo presto» ripeteva ai servitori che la salutavano.

«Fin dal giorno del suo arrivo a Gaeta - scrive Amedeo Tosti, suo biografo - la Regina Maria Sofia aveva preso ad esplicare una grande, inconsueta attività: visita ai reparti delle caserme, sopralluoghi sui lavori di rafforzamento, predisposizioni per le cure ai feriti ed agli ammalati, contatti con la popolazione, tra la quale la giovane Sovrana non tardò a diventare popolarissima». Sarà Marcel Proust a definirla «regina soldato sui bastioni di Gaeta».

Quando a Gaeta la situazione diventerà sempre più tragica a causa dell'epidemia del tifo, del terribile freddo di quell'anno, della scarsità di cibo, la Regina risponderà sempre no all'invito del marito di lasciare la roccaforte. Non da meno si dimostrò il Re che divide ogni disagio e privazione con i suoi soldati e la popolazione, mentre diminuivano le speranze di un intervento militare da parte di qualche potenza europea (Austria, Spagna, Russia).

Il giorno 11 febbraio il Consiglio Supremo dello Stato, convocato da Re Francesco, riconosce la necessità di una onorevole capitolazione. Ormai rassegnati a quella sorte iniqua, i reali napoletani Francesco II e Maria Sofia la mattina del 14 febbraio, si imbarcano sulla motonave Mouette che li avrebbe condotti nello Stato Pontificio.

Con la caduta di Gaeta e del Regno delle Due Sicilie, Maria Sofia e il marito si recano a Roma in esilio, la capitale di quello che era stato lo Stato Pontificio. Re Francesco istituisce un governo in esilio a Roma, che gode del riconoscimento diplomatico da parte degli stati europei.

Al suo arrivo a Roma, Maria Sofia, era determinata a continuare la lotta con tutti i mezzi. Compito primario di questo governo era innanzi tutto quello di organizzare la resistenza contro i piemontesi nel Regno.

Maria Sofia era la "vera ispiratrice della resistenza" anche se ai facili entusiasmi si alternavano periodi di scoramento.

Durante il soggiorno romano la regina viene resa oggetto di una campagna scandalistica per screditarla. Nel febbraio del 1862 appaiono alcune foto oscene che la ritraggono nuda e che fanno il giro di tutte le corti d'Europa. Le foto si riveleranno poi essere degli abili montaggi nei quali la testa della regina è stata montata sul corpo di una giovane prostituta ritratta in pose lascive. Le indagini portano la polizia pontificia all'arresto di Antonio Diotallevi e di sua moglie Costanza Vaccari autori del misfatto ma il sospetto è che i mandanti appartengano al partito piemontese.

La timidezza di Francesco, che soffriva anche di fimosi, rese il matrimonio non consumato per molti anni. Durante l'esilio romano, Maria Sofia si innamora di un ufficiale della guardia pontificia, il conte belga Armand de Lawayess, con il quale ha una relazione, e rimane incinta. Si ritira a casa dei genitori a Possenhofen, dove un consiglio di famiglia decide che partorirà in segreto per evitare lo scandalo. Il 24 novembre 1862 Maria Sofia dà alla luce due gemelle, nel convento di S. Orsola ad Augusta. Una bambina viene immediatamente affidata alla famiglia di Lawayss e l’altra a degli zii materni.

Un anno dopo, su consiglio della sua famiglia, Maria Sofia decide di confessare la relazione a suo marito. Successivamente, il rapporto tra i due migliora per qualche tempo. Francesco si sottopone ad un'operazione che gli consente di consumare il matrimonio, e Maria Sofia rimane incinta una seconda volta. Il 24 dicembre 1869, dopo dieci anni di matrimonio, Maria Sofia dà alla luce una figlia, la principessa Maria Cristina Pia delle Due Sicilie. Purtroppo, la bambina vive solo tre mesi e muore il 28 marzo 1870. Maria Sofia e suo marito non avranno altri figli.

Con la caduta di Roma e dello Stato Pontificio il 20 settembre 1870, il re e la regina si trasferiscono in Baviera.

Il 25 maggio Maria Sofia raggiunge a Vienna la sorella Elisabetta. Francesco poche settimane dopo parte e si stabilisce in un piccolo castello sul lago di Starnberg sotto il nome di Conte di Castro. Da quel momento la coppia reale vivrà quasi sempre separata. Maria Sofia trascorre molto tempo a Monaco, e poi si trasferisce a Parigi.

Continua a sperare di riconquistare il regno perduto, arrivando ad avere contatti col mondo anarchico ed insurrezionale, tanto da essere soprannominata da Proust "Regina degli anarchici". Durante la Prima Guerra Mondiale, Maria Sofia si schiera attivamente con l’Impero Tedesco e l'Austria-Ungheria nella guerra con il Regno d’Italia. Ciononostante aveva l'abitudine di visitare i campi di prigionieri italiani e prodigarsi nell’assistenza.

I soldati non capivano chi fosse quell'anziana signora che parlava la loro lingua con uno strano accento tedesco-napoletano e che chiedeva notizie soprattutto dei paesi del Sud.

Nel frattempo, a causa della sua attività in favore degli Imperi Centrali, l'ex Regina di Napoli era stata costretta a lasciare la Francia e si era rifugiata a Monaco, dove continua, come sempre, la sua battaglia.

Negli anni che seguono Maria Sofia assisterà alla fine del glorioso Impero austro-ungarico e al sorgere in Italia del Fascismo (che molto la incuriosiva).

A ottant'anni l'ex Regina di Napoli tutte le mattine faceva ancora la consueta passeggiata a cavallo.

Si racconta che quando nel 1922 riceve la visita della principessa Maria Josè, figlia diciottenne di sua nipote Elisabetta Regina del Belgio, Maria Sofia le impone di giurare che non avrebbe mai sposato uno di quei barbari Savoia.

La morte la coglie prima delle celebrazione del matrimonio.

Francesco II muore ad Arco di Trento nel 1894 mentre Maria Sofia muore a Monaco nel 1925.