Nata il 28 febbraio 1261, Margherita era la figlia maggiore di Alessandro III di Scozia e di Margherita, figlia del re d’Inghilterra Enrico III. Aveva due fratelli più piccoli, Alessandro e Davide.

La sua vita fu determinata dalla politica estera di suo padre. Negli anni ’70 del XIII secolo i rapporti diplomatici tra Scozia e Norvegia erano decisamente tesi: la spedizione navale norvegese organizzata tra l’estate e l’autunno del 1263 dal re Hákon IV Hákonarson non era riuscita a riappropriarsi delle colonie occidentali (Ebridi e isola di Man) ormai entrate nell’orbita politica della Scozia, e nel 1266 il successore di Hákon, Magnús VI Lagabœtir, aveva ceduto questi territori alla Scozia col trattato di Perth. Nell’estate del 1281, come parte di un’azione diplomatica di riavvicinamento e distensione, Margherita fu sposata al tredicenne re Eirikr II di Norvegia.

Nel contratto matrimoniale si stabiliva che i figli nati dal matrimonio tra Margherita ed Eirikr potessero entrare nella linea di successione al trono scozzese, mossa assai prudente, poiché Alessandro III, rimasto vedovo nel 1274 circa, aveva già perso il figlio Davide, e tra il 1283 e il 1284 avrebbe perduto, giovanissimi, anche Margherita e Alessandro. Il re si risposò nel 1285 con la nobile francese Jolanda di Dreux nella speranza di generare altri figli, ma morì improvvisamente e tragicamente nel marzo 1286.

Secondo la Cronaca di Lanercost, Margherita esercitò un benefico influsso sul marito adolescente, insegnandogli il francese, l’inglese, le buone maniere e modificando in direzione di una maggiore raffinatezza il modo di vestire e di mangiare. Sembra che la giovane regina abbia avuto anche un ruolo pubblico e di rappresentanza: gli Annali islandesi raccontano che donò un mantello alla chiesa [alla diocesi?] di Hólar, e il vescovo Jörundr fece fare di questo mantello una cappa, divenuta poi proverbiale col nome di dróttningar nautr ovvero “dono della regina”. 

Margherita morì a Tønsberg tra la fine di marzo e il 9 aprile 1283, probabilmente dando alla luce la sua unica figlia, anch’ella di nome Margherita, che in seguito al decesso del nonno materno Alessandro III senza figli sopravvissuti divenne l’erede al trono di Scozia. La morte prematura della piccola Margherita, nell’autunno del 1290, portò alla crisi di successione che avrebbe aperto le porte alle ingerenze inglesi e alla prima guerra di indipendenza scozzese (1296-1328).