Gioconda nasce in una famiglia dell'alta borghesia nicaraguense di origine italiana. La sua storia biografica è narrata nel libro Il Paese sotto la pelle (2000):

Due cose che non ho deciso io hanno determinato la mia vita: il paese in cui sono nata e il sesso col quale sono venuta al mondo [...] Non sono stata ribelle fin da piccola. Al contrario. Niente faceva presagire ai miei genitori che la creatura ammodo, dolce e garbata, delle mie fotografie infantili si sarebbe trasformata nella donna rivoluzionaria che tolse loro il sonno. [...] Sono stata due donne e ho vissuto due vite. Una delle due donne voleva far tutto secondo i canoni classici della femminilità: sposarsi, fare figli, nutrirli, essere docile e compiacente. L'altra aspirava ai privilegi maschili: sentirsi indipendente, essere considerata per se stessa, avere una vita pubblica, la possibilità di muoversi, amanti. Ho consumato gran parte della vita alla ricerca di un equilibrio tra queste due donne, per unirne le forze, per non essere dilaniata dalle loro battaglie a morsi e graffi. Penso di avere ottenuto, alla fine che entrambe le donne coesistessero sotto la stessa pelle. Senza rinunciare a sentirmi donna, credo di essere riuscita a essere anche uomo.

Dopo aver completato gli studi, prima in Spagna in un collegio di suore e poi in America, dove si diploma in pubblicità e giornalismo, nel 1966 Gioconda ritorna in Nicaragua e ottiene un impiego come responsabile di un'agenzia di pubblicità a Managua.

L'anno dopo, appena compiuti i diciotto anni, si sposa con una cerimonia fastosa, un avvenimento per la buona società della città. Nasce la prima figlia, Maryam, e la sua vita è quella di una disincantata signora borghese, che non vede alternative alla dittatura che insanguina il paese.

[...] noi giovani eravamo stati presi da una specie di sgradevole rassegnazione. L'unica scelta possibile era quella dei sandinisti [...]. I sandinisti, però, non erano un'alternativa per noi: erano guerriglieri. Proponevano la lotta armata, la violenza, il socialismo. Avevano spesso scontri con la dittatura. [...] Il martirio dei sandinisti, la loro tenacia, ispirava rispetto, ma erano considerati pericolosi, sovversivi, comunisti. Operavano nella clandestinità. Tra la gente della mia classe non si parlava di loro. Li si temeva.

La lettura dei libri femministi di Germaine Greer, Betty Friedan, Simone de Beauvoir alimenta nuove idee, finché nel 1970, grazie a un collega di lavoro (il Poeta), che le apre nuovi orizzonti culturali e di cui diviene l'amante, incominciano i contatti con un militante sandinista e l'impegno politico. Gioconda inizia una doppia vita: in apparenza è ancora una perfetta signora borghese, ma, in realtà è un'adultera e una fiancheggiatrice del Fronte Sandinista di Liberazione Nazionale.

Per “tenersi insieme” in questa complicata condizione comincia a scrivere e a pubblicare poesie, raccolte poi nel libro Sobre la Grama, che destano grandi consensi tra gli intellettuali, e sconcerto e scandalo nella buona società. Nasce un'altra figlia, Melissa; Gioconda si separa dal marito, si innamora di un dirigente sandinista, Marcos (Eduardo Contreras Escobar) e si impegna sempre più attivamente nel Fronte Sandinista.

Nel 1975 affida le sue figlie ai genitori perché costretta a rifugiarsi all'estero per evitare l'arresto. Gioconda racconterà di quegli anni nel suo primo romanzo, pubblicato nel 1988, La donna abitata, in cui leggenda e realtà si mescolano armonicamente attraverso la storia di due donne, vissute in epoche diverse, un'india che combatte contro i conquistadores e una donna moderna che vive sotto una feroce dittatura centroamericana, le cui vite si incontrano magicamente nell'amore e nella guerriglia.

Dopo essere fuggita in Messico, dove scrive nei primi tre mesi le poesie di Linea de fuego che vincerà a Cuba il premio Casa de Las Amèricas nel 1978, Gioconda, per decisione di Marcos, si reca in Costa Rica per organizzare la rete dei rifugiati, divorzia dal marito e riesce a farsi raggiungere dalle figlie.

Nonostante l'abbia abbandonata per un'altra donna, soffre terribilmente per la morte di Marcos, ucciso nel 1976 dalla Guardia Nazionale di Somoza. Poco tempo dopo Gioconda si arrende alla corte insistente del brasiliano Sergio De Castro che sposerà e da cui avrà un figlio, Camilo. Ma, nonostante gli impegni familiari, accresciuti dal parto prematuro che mette in pericolo di vita la madre e il figlio, continua alacremente a sostenere la guerriglia, lavorando a una rivista filosandinista, favorendo spedizioni clandestine di armi in Nicaragua, recandosi a Cuba come rappresentante della GPP alla celebrazione del XX anniversario della rivoluzione, viaggiando in Europa per raccogliere fondi.

In quegli anni, totalmente occupata dalla politica, scrive poco:

In Costa Rica composi poca poesia. [...] Mi resi conto in quel momento della simbiosi che c'era tra la mia poesia e il Nicaragua [...]. La mia poesia continua a essere l'espressione del corpo e prende forma quando la mia anima ritorna alle sue radici.

Il 20 luglio 1979, dopo la vittoria della rivoluzione sandinista, Gioconda può tornare finalmente a Managua e le viene affidata la direzione della televisione di stato. Potrebbe finalmente trovare la tranquillità, ma si è innamorata pazzamente del comandante Modesto (Henry Ruiz), uno dei nove membri della Direzione Nazionale, e, pur lacerata dai sensi di colpa, rompe il matrimonio con Sergio e inizia un rapporto devastante e contraddittorio – "Fu un rapporto sconvolgente quello che mi travolse e mi fece perdere tutti i punti di vista" – che le mostra, nell'umiliazione di subire il maschilismo di Modesto, la propria dipendenza:

Non riuscivo a stare sola. Avevo rischiato di essere colpita dalle pallottole, di morire, avevo trafficato in armi, pronunciato discorsi, vinto premi, partorito figli, e tante altre cose, ma non sapevo com'era la vita senza il pensiero di un uomo, senza l'amore di un uomo. Non sapevo chi ero davvero, senza il punto di riferimento di qualcuno che mi nominasse e mi facesse esistere con il suo amore.

Alla crisi sentimentale segue la crisi politica, Gioconda ha divergenze col partito e sente il bisogno di dimettersi dalle cariche e ripensare nel silenzio alla sua vicenda esistenziale.

Nel 1984 arriva un nuovo amore: si tratta di un "gringo", un giornalista americano, Carlos (Charlie Castaldi) di origine italiana, che il partito le vieta di frequentare; ma questa volta si tratta di un amore adulto, paritario, che durerà a lungo. Belli lo sposa nel 1987 e inizia la sua seconda vita, divisa tra l'America e il Nicaragua, dedita soltanto alla famiglia e alla letteratura. Nel 1990 pubblica il suo secondo romanzo, Sofia dei presagi e nel 1992 un racconto per bambini, La fabbrica delle farfalle. Nel 1993 avrà da Carlos una figlia, Adriana. Negli anni successivi continua a pubblicare romanzi, che saranno tradotti in tutte le lingue e diverranno successi internazionali: Waslala (1996), Il paese sotto la pelle (2000), La pergamena della seduzione (2005), L'infinito nel palmo della mano (2008).