Di buona famiglia ateniese, si taglia i capelli e si traveste da uomo per studiare medicina con Erofilo, uno dei più rinomati medici dell’epoca, che insegnava ad Alessandria d’Egitto. Il travestimento è reso necessario dal divieto di studiare medicina imposto alle donne e agli schiavi. Conclusi gli studi, rientra ad Atene, dove diventa un'ostetrica molto ricercata.

Usa mettere le pazienti a loro agio sollevando le vesti per rivelare il proprio sesso. Gelosi del suo successo, i medici la chiamano davanti all’Areopago e la accusano di sedurre le pazienti (cosa vietata dal giuramento d'Ippocrate, ora come allora). In tribunale lei solleva di nuovo le vesti. Secondo la legge ateniese, per aver praticato la medicina sotto mentite spoglie, viene quindi condannata a morte.

Nell'udire la notizia, numerose mogli di ateniesi illustri circondano il tribunale e minacciano di uccidersi se la sentenza sarà eseguita. Ottengono non solo che Agnodice continui a esercitare, e finalmente in abito femminile, senza doversi più nascondere, ma che la legge venga cambiata e che le donne nate libere possano svolgere la professione medica, alla condizione che curino soltanto altre donne.

Così racconta Gaio Giulio Igino nelle Fabulae, dove afferma che quella era la prima volta che tale privilegio veniva esteso alle donne. Secondo altre fonti, invece, pare che le ginecologhe esercitassero già nel V secolo a.C. , mentre per altri storici Agnodice, cioè “casta e giusta”, sarebbe il soprannome di Fanostrata che una stele funeraria indica come ostetrica (maia) e medico (iatros).