Nasce a Foggia, il 7 aprile del 1931. Alla fine della Seconda guerra mondiale, appena adolescente, resta orfana. Con la prematura morte del padre Arturo, fondatore della Biblioteca Provinciale di Foggia, nei difficili anni della ricostruzione, vive una faticosa situazione familiare. Si laurea in Lettere classiche presso l’Università di Bari, avviandosi alla carriera dell’insegnamento nei licei cittadini. È del 1967 la pubblicazione del suo primo romanzo Le stanze vuote (Cappelli), che viene accolto subito favorevolmente, e Le stelle di Ninella (Schena), seguiti, nel 1968, da Gli anni lunghi.

Successivamente dà alle stampe una serie di romanzi che si pongono come potenti immagini di spaccati di vita familiare, in un periodo storico in cui sta cambiando profondamente l’identità femminile e di riflesso quella della famiglia italiana. Tra le opere spiccano La casa delle donne, edito da Palomar nel 1983, da cui, nel 2003, è tratto l’omonimo film e Analisi in famiglia, pubblicato da Feltrinelli nel 1977, dal quale viene realizzato uno sceneggiato televisivo.

I suoi temi narrativi affrontano soprattutto la crisi del ruolo femminile nella famiglia patriarcale, soprattutto in un Sud fortemente ancorato alla cultura rurale. I suoi personaggi spesso sono connotati da profondi tormenti e da tratti psicologici complessi, ma la scrittrice non perde mai di vista le esigenze narrative dei personaggi e degli intrecci, proponendo svolte e soluzioni audaci e mai scontate. Coerentemente con i suoi romanzi moderni e innovativi, apre la sua casa ad una miriade di studenti (ma soprattutto studentesse) che in quegli anni post-sessantottini vanno formandosi una nuova coscienza sociale. Diventa un punto di riferimento per i giovani e le giovani e in generale per i circoli culturali meridionali di quegli anni. Saranno probabilmente queste doti pedagogiche ed aggregative che la porteranno a cimentarsi con successo anche nella pubblicazione di libri per ragazzi. Tra i tanti capolavori ricordiamo Nicolino, vincitore del premio nazionale per la letteratura giovanile "Città di Bitritto", Alina nel Tremila e Cerca, Jovanka, cerca…

Fondamentale il suo impegno a favore delle donne del Sud, per le quali si batte in nome di una piena valorizzazione sociale e alle quali dedica gran parte della sua opera. Maria Marcone alterna alla scrittura la pittura e la poesia, soprattutto in età avanzata, conseguendo anche in questi ambiti significativi riconoscimenti ("Il Gargano" di Vieste e "Giacomo Strizzi" di Alberona, nel 1987; "Europa Sud" di Bari, nel 1990).

Nel 1995 un terribile evento sconvolge la sua vita e ne produce una nuova svolta. Viene assassinato il fratello Francesco, non essendosi voluto piegare ad una richiesta estorsiva della mafia foggiana. Maria reagisce con la pertinacia di cui ha già dato più volte prova e dà alle stampe i volumi di denuncia Storia di Franco e Processo alla città. Inoltre dà vita, in contrapposizione all’associazione “Nessuno tocchi Caino!”, fondata dal Partito Radicale nel 1993, l’associazione “Nessuno tocchi Abele”, per gridare la sua sete di giustizia per le vittime delle mafie. L’associazione raccoglie migliaia di aderenti e opera con iniziative contro le mafie, soprattutto in territorio pugliese. Maria Marcone muore a Bari il 15 gennaio del 2014, all’età di ottantatré anni.

Molti suoi romanzi sono tradotti e diffusi in Germania, Svezia, Austria, Cile, Canada e Australia.